วิจารณ์ของศาสตราจารย์ ศิลป์ พีระศรีดังกล่าวนี้ทำให้ถวัลย์ ดัชนี เปลี่ยนแปลงการทำงานทุกอย่างใหม่หมด เมื่อคิดและดำรงอยู่ในวิถีทางแห่งศิลปะได้แล้ว เขาจึงได้รับการสนับสนุนจากศาสตราจารย์ ศิลป์ พีระศรี ให้สอบชิงทุนไปศึกษาต่อที่ประเทศเนเธอร์แลนด์ ด้านสาขาจิตรกรรมฝาผนัง อนุสาวรีย์ ผังเมือง และในระดับปริญญาเอก สาขาอภิปรัชญา และสุนทรียศาสตร์ ที่ราชวิทยาลัยศิลปะอัมสเตอร์ดัม ที่แห่งนี้เองที่ถวัลย์ได้เรียนร่วมชั้นเดียวกันกับนักเรียนต่างชาติ ซึ่งในเวลาต่อมาได้มีศิลปินแห่งชาติเกิดขึ้น 3 คนจากสถาบันแห่งนี้ นั่นคือ ศิลปินแห่งชาติของอินโดนีเซีย ด้านการแกะสลัก, ศิลปินแห่งชาติของอเมริกา ชาวสวิตเซอร์แลนด์ นามว่า Giger (ไกเกอร์ หรือ กีเกอร์ ถ้าอ่านแบบเยอรมัน) ซึ่งเป็นศิลปินที่วาดรูปออกแนวอวกาศและเป็นผู้ออกแบบเอเลี่ยน และศิลปินแห่งชาติของไทย ถวัลย์ ดัชนี
เมื่อกลับมาถึงประเทศไทย เหตุการณ์ไม่คาดฝันก็เกิดขึ้น รูปเขียนขนาดใหญ่ของเขาหลายรูปถูกนักเรียนกรีดทำลาย ด้วยเหตุที่ว่างานของเขานั้นดูหมิ่นพระพุทธศาสนา ทำใหถวัลย์ ดัชนี เลิกแสดงผลงานในประเทศไทยไปนานหลายปี กว่าคนไทยจะยอมรับได้ เขาก็ต้องเดินตากแดดตากฝนนานอยู่ถึง สามสิบกว่าปี ในปัจจุบันผลงานของเขาได้รับการยอมรับ และได้รับการยกย่องชื่นชมว่าเป็นงานศิลปะชั้นเลิศ อีกทั้งเป็นที่นิยมในหมู่นักสะสมงานศิลปะทั่วไปอีกด้วย
ถวัลย์ ดัชนี ได้ฝากศิลปะไทยจิตวิญญาณตะวันออกของเขา ไว้ในหลายๆ ที่ในโลก "ผลงานบางส่วนถูกเขียนขึ้นในปราสาทที่มีถึง 500 ห้อง ในประเทศเยอรมนี ซึ่งมีชื่อว่าปราสาทกอททอฟ (Gottorf Castle) " ซึ่งเป็นที่น่าเสียดายที่ปราสาทนี้ไม่เปิดให้ใครได้เข้าชมแล้ว เพราะอากาศที่หนาวเย็นจะทำให้มีหยดน้ำมาเกาะบนกำแพง ทำให้ภาพเสียหาย แต่รายการโทรทัศน์ที่ได้เข้าไปถ่ายทำเป็นรายการสุดท้ายนั่นคือ รายการชีพจรลงเท้า
ยามว่างจากการเขียนรูป ถวัลย์ ดัชนีจะเดินไปในป่าเพื่อหาเขากวางที่ผลัดแล้วมาเก็บไว้ เพื่อเป็นเครื่องลับจินตนาการให้เฉียบคมอยู่ตลอดเวลา