วัดกำแพงเป็นวัดโบราณที่สร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยา แต่ไม่ปรากฏ หลักฐานทางเอกสารแน่ชัดว่า สร้างขึ้นในช่วงเวลาใด จากการพิจารณา ลักษณะทางศิลปสถาปัตยกรรม เท่าที่ยังพอปรากฏอยู่ในปัจจุบัน สันนิษฐานว่าวัดกำแพงนี้ น่าจะสร้างขึ้นในช่วงอยุธยาตอนกลางค่อนมา ทางตอนปลาย โดยอาจเป็นวัดสำคัญในสมัยที่เมืองธนบุรีศรี มหาสมุทร ที่ยังคงมีศูนย์กลางเมือง ตั้งอยู่บริเวณวัดศาลาสี่หน้าหรือ วัดคูหาสวรรค์ในปัจจุบัน ก่อนที่จะมีการโยกย้ายไปตั้งใหม่ ณ บริเวณริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยาตรงบริเวณวัดแจ้ง หรือวัดอรุณราชวราราม ภายหลังจากที่มีการขุดคลองลัดแม่น้ำเจ้าพระยา ตรงย่านบางกอกใน รัชสมัยของสมเด็จพระไชยราชาธิราชแล้ว ประกอบกับเมื่อพิจารณา รูปแบบทางศิลปสถาปัตยกรรม ของวัดโบราณในบริเวณใกล้เคียง ก็พบว่า มีลักษณะที่บ่งบอกว่าเป็น สมัยอยุธยาตอนกลางถึงตอนปลายเช่นกัน รูปแบบศิลปสถาปัตยกรรมส่วนใหญ่ ของวัดกำแพงที่ปรากฏในปัจจุบัน นี้ สันนิษฐานว่าเป็นรูปแบบซึ่งถูกซ่อมบูรณะครั้งใหญ่ ในราวสมัยรัชกาลที่ 4 เนื่องด้วยเหตุผลสำคัญหลายประการกล่าวคือ