มะละกอขยายพันธุ์ได้หลายวิธี เช่น การเพาะเมล็ด การปักชำ การติดตา การตอนกิ่ง แต่ส่วนมากจะนิยมการขยายพันธุ์แบบเพาะเมล็ดมากกว่า เพราะทำได้ง่าย สะดวก และได้ต้นที่แข็งแรง ไม่โค่นล้มง่าย ซึ่งเมล็ดพันธุ์ที่จะนำมาเพาะ ผู้ปลูกจะต้องคัดเลือก มาเป็นอย่างดี เพื่อให้ได้ผลผลิตสูงคุ้มค่ากับการลงทุน  การปลูกด้วยเมล็ดและการเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์เมล็ดที่จะนำมาใช้ทำพันธุ์จะต้องได้จากผลที่สุกเต็มที่ และควรเป็นผลที่ได้จากต้นสมบูรณ์เพศ(กะเทย) เพราะจะได้ผลผลิตที่สูงกว่า เมล็ดที่ได้มาจากผลสุกสามารถนำไปเพาะได้ทันทีโดย ไม่ต้องนำไปตากแดดก็ได้ แต่ควรล้างเนื้อเยื่อออกให้สะอาด แต่ถ้าหากต้องการเก็บ เมล็ดไว้นาน ควรตากเมล็ดให้แห้งเสียก่อน โดยการหมักเมล็ดสด ๆ ไว้ในถุงพลาสติก เก็บไว้ในร่ม 2-5 วัน จากนั้นจึงนำเมล็ดมาล้างให้สะอาด แล้วนำไปผึ่งให้แห้ง ก็จะให้เมล็ดพันธุ์ที่เก็บไว้ได้นาน