การเพาะพันธุ์เราควรจะคัดเลือกพ่อแม่พันธุ์เสียก่อน ปลาหมอสีตัวผู้กับตัวเมียหากจะดูตามลักษณะของอวัยวะเพศนั้นค่อนข้างยาก แต่ถ้าดูด้วยตาเปล่าจะสังเกตเห็นว่าปลาหมอสีบางพันธุ์ตัวผู้จะใหญ่กว่าตัวเมีย และบางพันธุ์ตัวผู้จะมีสีสด ส่วนตัวเมียจะมีสีซีดกว่า พ่อแม่พันธุ์ที่ดีต้องเป็นปลาที่สมบูรณ์ ว่ายน้ำว่องไว ปราดเปรียว ที่สำคัญต้องเป็นปลาที่ไม่ผ่านการเร่งหรือย้อมสี มีอายุตั้งแต่ 6 เดือนขึ้นไป

สถานที่ที่ใช้เพาะพันธุ์ปลาหมอสีควรใช้ตู้กระจกขนาด 36 นิ้ว เพราะสามารถมองเห็นการเปลี่ยนแปลงของแม่ปลาได้ง่าย ทาสีตู้ทั้ง 3 ด้าน เพื่อป้องกันปลาตื่นตกใจ เมื่อเตรียมพ่อแม่พันธุ์และสถานที่เรียบร้อยแล้ว จึงปล่อยพ่อแม่พันธุ์ลงไปในอัตราส่วน พ่อพันธุ์ 1 ตัว ต่อแม่พันธุ์ 5 ตัว ซึ่งตู้ขนาด 36 นิ้ว สามารถปล่อยพ่อพันธุ์ได้ 3 ตัว และ แม่พันธุ์ได้ถึง 15 ตัว โดยตัวผู้จะไล่จัดคู่กับตัวเมียเอง

การผสมพันธุ์นั่นเมื่อตัวเมียเริ่มวางไข่ตัวผู้ก็จะปล่อยน้ำเชื้อผสมกับไข่ และเนื่องจากปลาหมอสีส่วนใหญ่เป็นปลาที่อมไข่ เมื่อตัวผู้ปล่อยน้ำเชื้อเสร็จปลาตัวเมียก็จะอมไข่ไว้และทำเช่นนี้เรื่อยไปจนไข่หมด ซึ่งปลาหมอสีจะอมไข่ได้ครั้งละประมาณ 30-40 ฟอง จากนั้นตัวผู้จะไปผสมพันธุ์กับตัวอื่นต่อไป มีปลาหมอสีบางชนิดที่วางไข่กับพื้นโดยไม่อมไข่ไว้เหมือนกันแต่พบได้น้อยมาก

ไข่ที่ได้รับการผสมพันธุ์แล้วแม่ปลาจะอมไว้ในปาก ซึ่งเราจะสังเกตเห็นว่าใต้คางของแม่ปลาจะอูมออกมาชัดเจน เหงือกจะอ้าออกเพื่อให้น้ำไหลผ่านในช่องปากตลอดเวลา เมื่อครบ 15 วัน ลูกปลาจะเริ่มฟักเป็นตัวระยะนี้เราสามารถนำแม่ปลามาเปิดปากเพื่อนำลูกปลาออกมาแล้วนำไปอนุบาลต่อไป การเปิดปากแม่ปลาควรทำด้วยความรวดเร็วและระมัดระวังมิเช่นนั้นแม่ปลาอาจเกิดการบาดเจ็บได้