จากหลักฐานทางโบราณคดีทำให้ทราบว่าชนชาติขอมเริ่มรวมตัวเป็นอาณาจักรหรือรัฐ มาตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ 6 โดยพัฒนามาจากเมืองท่าที่ติดต่อค้าขายกับอินเดีย มีความเจริญภายใต้พื้นฐานของอารยธรรมอินเดีย ใช้ชื่อว่า อาณาจักรฟูนัน มีอาณาบริเวณครอบคลุมพื้นที่ลุ่มแม่น้ำโขง (เวียดนามตอนใต้) และแม่น้ำโขงตอนใต้(กัมพูชา) จนถึงบางส่วนในบริเวณของภาคอีสานตอนใต้ของประเทศไทย โดยมีเมืองออกแก้ว (ตะวันออกเฉียงใต้ของเวียดนาม)เป็นเมืองท่าในการติดต่อค้าขาย และมีราชธานีนามว่า“วยาธปุระ” ใกล้เขาบาพนมในประเทศกัมพูชา

อาณาจักรฟูนันมีการติดต่อค้าขายกับต่างประเทศทั้งกับอินเดียและจีน หลักฐานทางโบราณคดีเกี่ยวกับอาณาจักรนี้ยังดูรางเลือนหาข้อสรุปไม่ได้แน่ชัดนัก ทราบแต่เพียงว่ากษัตริย์องค์สุดท้ายคือ รุทรวรมัน และนับถือศาสนาพราหมณ์ที่ได้รับมาจากอินเดียเป็นหลัก

พุทธศตวรรษที่ 12  ซึ่งแต่เดิมเป็นรัฐหนึ่งของอาณาจักรฟูนัน มีอาณาบริเวณตั้งแต่เมืองจำปาศักดิ์-ภูเขาวัดภู และในปัจจุบันคือบริเวณทางตอนใต้ของประเทศลาวและทางภาคเหนือของประเทศเขมร และราชธานีของอาณาจักรเจนละคือ เมือง “เศรษฐปุระ” อาณาจักรเจนละมีพื้นฐานอารยธรรมสืบต่อมาจากอาณาจักรฟูนันรวมทั้งการนับถือศาสนาพราหมณ์ด้วย

พระเจ้าภววรมัน ปฐมกษัตริย์ของเจนละได้ยึดวยาธปุระจากรุทรวรมัน ต่อมาพระอนุชาของภววรมันคือ พระเจ้ามเหนทรวรมันที่ 1 ได้เข้ายึดฟูนันและปราบปรามได้ ทำให้อาณาจักรเจนละได้ขยายอาณาเขตออกไปอย่างกว้างขวางยิ่งกว่าเดิม

จนล่วงพุทธศตวรรษที่ 13 อาณาจักรเจนละได้ถูกกษัตริย์ชวาจากราชวงศ์ไศเลนทร์แห่งอาณาจักรชวาภาคกลางรุกราน จึงทำให้เจนละแตกออกเป็น ๒ ส่วนคือ เจนละบก และ เจนละน้ำ ส่วนของเจนละน้ำนั้นถูกชวายึดครองได้ นอกจากนี้อาณาจักรชวายังได้นำตัวรัชทายาทคือ เจ้าชาย ไปเป็นตัวประกันที่อาณาจักรชวาอีกด้วย ซึ่งเป็นระบบที่เรียกว่าตัวจำนำเพื่อรับรองความจงรักภักดีของอาณาจักรขอม

ต่อมาในปี พ.ศ. 1350  ได้ยกทัพขึ้นมาประกาศเอกราชจากอาณาจักรชวา และยังรวมอาณาจักรเจนละบกเจนละน้ำที่แตกแยกเข้าด้วยกัน สร้างความเป็นปึกแผ่นให้กับอาณาจักรขอมใหม่ และขนานนามใหม่ว่า เมืองกัมโพชน์ตะวันออก โดยแยกตัวมาจากอาณาจักรลโวทย หรือละโว้ หรือปัจจุบันเรียกว่า ลพบุรี ซึ่งมีกัมโพชน์อยู่แล้ว

พระเจ้าชัยวรมันที่ 2 ทรงเลือกตั้งราชธานีของเมืองกัมโพชน์ในบริเวณทางเหนือของทะเลสาบเขมร พระองค์ทรงขยายพระราชอำนาจขยายเข้าไปถึงบริเวณลุ่มแม่น้ำ บริเวณอีสานใต้ของประเทศไทยด้วย